上市公司股權協議轉讓定價的確定方法：

1.股東協議轉讓上市公司股份的價格應當以上市公司股份轉讓信息公告日(經批準不須公開股份轉讓信息的，以股份轉讓協議簽署日為準，下同)前30個交易日的每日加權平均價格算術平均值為基礎確定;確需折價的，其最低價格不得低于該算術平均值的90%。

2.存在下列特殊情形的，股東協議轉讓上市公司股份的價格按以下原則分別確定：

(1)股東為實施資源整合或重組上市公司，并在其所持上市公司股份轉讓完成后全部回購上市公司主業資產的，股份轉讓價格由國有股東根據中介機構出具的該上市公司股票價格的合理估值結果確定。

(2)國有及國有控股企業為實施國有資源整合或資產重組，在其內部進行協議轉讓且其擁有的上市公司權益和上市公司中的國有權益并不因此減少的，找法網提醒您，股份轉讓價格應當根據上市公司股票的每股凈資產值、凈資產收益率、合理的市盈率等因素合理確定。

二、上市公司股權轉讓的流程是怎樣的

上市公司股權轉讓的流程有：

1.公開發行的證券，在依法設立的證券交易所上市交易；

2.采用公開的集中交易方式或者國務院證券監督管理機構批準的其他方式；

3.簽訂轉讓協議；

4.辦理交割手續。

三、上市公司股權協議轉讓的優點

上市公司股權協議轉讓的優點：

1.轉讓條件較靈活。協議轉讓的受讓方可以與轉讓方平等協商，在協議中自行確定轉讓價格、支付方式、支付時間等，而無須遵守價格優先、時間優先等證交所交易規則。

2.信息披露義務較輕。

3.轉讓成本較低。

4.轉讓較易成功。

5.當股份轉讓涉及上市公司控制權變更時，競價轉讓和協議轉讓實際是上市公司的敵意收購與友好收購，后者無疑有利于避免被收購公司管理層采取反收購行動，股份轉讓也更易成功。